CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是替換傳統(tǒng)的ChIP-Seq用以研究DNA與蛋白互作的革新技術(shù)。在實驗過程中無需甲醛交聯(lián)、超聲打斷、末端修復和連接接頭等操作，通過對細胞預處理、免疫共沉淀、文庫構(gòu)建等關(guān)鍵過程進行技術(shù)改進，對ChIP-Seq技術(shù)進行全面革新，成為DNA-蛋白互作研究的最佳選擇。
技術(shù)路線
實測數(shù)據(jù)
技術(shù)優(yōu)勢
1.無需甲醛交聯(lián)，去交聯(lián)、DNA打斷、標記，實驗周期更短；
2.信噪比更高，細胞需求量大大降低；
3.重復性好，信號富集強；
4.能對極少量細胞甚至單細胞進行分析。
技術(shù)應用
1.蛋白質(zhì)-DNA互作研究；
2.檢測基因組上的組蛋白修飾，鑒定超級增強子；
3.檢測基因組的開放染色質(zhì)，鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合圖譜；
4.繪制核小體，RNAPII等蛋白的染色質(zhì)圖譜。
案例解析
ATAC-seq + CUT&Tag聯(lián)合應用，揭示腫瘤免疫逃逸新機制:
2020年1月13日，北京大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究所尹玉新課題組在國際免疫學領域期刊Nature immunology（IF：23.53）在線發(fā)表了題為The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity[1]的研究論文，采用ATAC-seq和 CUT&Tag測序，揭示了磷酸酶PAC1作為T淋巴細胞功能抑制因子，減弱宿主細胞免疫監(jiān)視功能，促進腫瘤免疫逃逸的作用機制；抑制PAC1通路，可以激活T淋巴細胞的防御功能。該研究利用ATAC-seq數(shù)據(jù)得到染色質(zhì)開放性的動態(tài)變化，聯(lián)合CUT&Tag或ChIP-seq（DNA-蛋白質(zhì)互作研究金標準）分析，進一步明確調(diào)控某一生物學過程的關(guān)鍵因子（包括順式調(diào)控元件和轉(zhuǎn)錄因子等）的作用方式，為腫瘤治療提供了潛在的新型藥物靶點，具有重要意義。
PAC1在ROS介導的腫瘤浸潤淋巴細胞功能障礙中的作用模型
[1]Dan Lu, Liu L, Sun Y, Song J, Yin Q, Zhang G, Qi F, Hu Z, Yang Z, Zhou Z, Hu Y, Zhang L, Ji J, Zhao X, Jin Y, McNutt MA, Yin Y. The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity. Nat Immunol. 2020 Mar;21(3):287-297. doi: 10.1038/s41590-019-0577-9. Epub 2020 Jan 13. PMID: 31932812.
